菏泽市历史悠久,为华夏文明发祥地之一。据考古发掘测定,早在4000多年前,即有先民在这里刀耕火种,繁衍生息。相传黄帝族、炎帝族、九黎族融合后就定居在这里,尧舜禹三大部落,主要活动在这一带。《史记》上说,“舜耕历山“中的“鱼雷泽”的“雷泽”就在本市境内。这里古属兖州,春秋先属曹后归宋,战国属齐。南北朝始置乘氏县, 属曹州,隋改为雷泽。
清雍正十三年,升州为府,设附廓县为菏泽,1945年县城第一次解放,冀鲁豫行署驻今城。 1983年第三次改市,是为今名 。因菏泽扼南北各省之咽喉,处东西交通之要冲,商业贸易发达,历来为商贸集散地,数度成为政治、经济、文化的中心。菏泽人杰地灵,名胜古迹独具风格,“青邱固推遗址”为新石器时代的原始氏族社会文化遗址。
境内“桂陵之战”遗址为孙膑生擒庞涓之处,“黄巢点将台”为黄桌起义点将之所,解放战争时期,“大杨湖战役”、”沙土战役”都发生在这里。灿烂的古代文化哺育了一大批卓越的历史名人。被列为医圣之一的商代名医、政治家伊尹,军事家孙膑,哲学家庄周,农学家范胜之都出生在这一带,同时这里还是孔子弟子冉雍(仲弓),晋代著名政治家卞壶的故里,位于城区的冉子庙、卞壶祠至今保留古朴的风格。